Respondendo a mim mesmo, gostaria de dizer que encontrei uma boa maneira de fazer isso. Basta definir um arquivo chamado ".Xkbmap" no diretório inicial com conteúdo como:
-option compose:ralt,grp:switch,grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll -variant ,lyx us,il
E seu usuário atual deve estar pronto.
Obrigado a todos que tentaram ajudar.