Eu diria que você pode automatizar isso com o Imagemagick, pois ele tem opções de linha de comando para extrair seções de imagens - veja exemplos aqui:
Veja: Corte, remova linhas, colunas e bordas
Para esclarecer, digamos que eu tenha uma imagem de 100px de largura e 50px de altura e quero fazer com que ela tenha 50px x 50px, removendo as colunas do MIDDLE da imagem. ou seja, quero manter o lado esquerdo da imagem e manter o lado direito, mas remova o meio. Eu não quero escalar a imagem de forma alguma. A imagem é um PNG, com áreas transparentes.
Eu não estou muito acostumado com o GIMP, então seja gentil:)
Eu diria que você pode automatizar isso com o Imagemagick, pois ele tem opções de linha de comando para extrair seções de imagens - veja exemplos aqui:
Veja: Corte, remova linhas, colunas e bordas
Um caminho é: