Primeiramente eu tentaria o WinMTR e o deixaria funcionar por cerca de uma hora. Se a latência nunca chegar acima de 100 ms, você provavelmente terá pouco recurso. ISPs normalmente garantem menos de 100 ms para o primeiro hop, e você será pressionado para que eles garantam menos que isso ou qualquer coisa para um salto que eles não controlam. O único ponto de contato que você terá é o seu provedor, eles terão que fazer o resto se não controlarem a rede ou tiverem acordos com os colegas ao longo do caminho. Muito provavelmente, se houver um problema comprovado, eles simplesmente mudarão de rota. Você terá dificuldade em fazer com que eles mudem sua rota apenas para tempos de ping ligeiramente mais altos em uma parte do tempo - os provedores de serviços de Internet normalmente só fazem esses tipos de alterações para problemas drásticos.
Você está correto em que parece quando atinge os roteadores da Alter.net que o tempo de ping aumenta, mas isso não significa necessariamente que outro tráfego esteja recebendo a mesma latência (quase sempre é dada a menor prioridade ao ICMP). Lembre-se de que, se o alter.net for o ISP da sua conexão do escritório, você deverá chamá-lo diretamente. Você precisará de dados diferentes para esse lado das coisas. Novamente, como um ISP, eles garantem 100 ms ou menos para o primeiro salto. Ping do escritório para seus dns principais por cerca de uma hora. Se não for acima de 100 ms, eles provavelmente não farão nada a respeito. Eu pedia no mínimo para ver se havia um porta-malas melhor que eles pudessem colocar em você. Os ISPs farão isso, mas isso exige algum empurrão do cliente.