Aqui está uma sugestão, procure por DoubleKiller - Eu achei muito útil para identificar arquivos duplicados através de terabytes de coisas, ele tem muitas opções de busca e restrições em quais diretórios procurar. É uma ferramenta útil para o arsenal, mas como com qualquer coisa que leia arquivos, destruirá os tempos de acesso, se eles forem necessários no futuro.