É conhecido o bug feio - veja o bug da barra de lançamento 1245473 .
Estou escrevendo isso do Ubuntu 16.04.3 LTS com o MATE DE. Não tem esse problema.
Estou usando o Kbd
Mas o MATE no Ubuntu 17.10 tem esse problema - veja outro bug do launchpad 1720364 .
Minha posição completa está escrita no comentário 528 para o bug 1218322 na barra de lançamento .