Como não conheço um serviço de upload de arquivo com as características que você precisa, eu faria um dos seguintes:
1) Ensine seus clientes a usar o Windows Explorer para arrastar & solte os arquivos no seu servidor FTP.
2) Execute o Apache com um script de upload de arquivos que coloque os arquivos no mesmo lugar que o seu serviço de FTP (sem alterar os designers).
3) Pague alguém para fazer 2.