Para mim, ele sempre abre alguns pixels para baixo e para a esquerda da janela atual do Chrome.
Estou assumindo que é um código rígido no aplicativo e que você não poderá substituí-los.
O mesmo será válido para qualquer outro aplicativo também. Ele será codificado para um local específico (não necessariamente valores absolutos, mas centralizados na tela, etc.), lembre-se da localização da última vez em que foi aberto ou será aleatório.