As tabelas são liberadas após cada reinicialização, mas existem maneiras de salvar a configuração e carregá-la novamente na inicialização.
iptables-save > /path/to/file
Para carregar a configuração, basta usar:
iptables-restore < /path/to/file
A melhor maneira de carregar isso é colocar o comando restore na configuração da interface; Dessa forma, ele só será carregado quando a interface for ativada.