O CD de inicialização do Windows XP tem esse comportamento estranho, no qual ele não inicializa se houver um certo nível de corrupção no registro mestre de inicialização (MBR) do disco rígido. Idealmente, ele deve ignorar o disco rígido ao inicializar a partir do CD, mas isso não acontece.
Eu tive um problema semelhante - eu tinha um disco rígido que foi apagado com dados aleatórios, e queria instalar o Windows nele, mas o CD do Windows iria travar ao inicializar mesmo que vários CDs do Linux rodassem bem. Em última análise, tive que usar o Gparted em um CD do Linux para criar uma partição no disco rígido, depois inicializei o CD do Windows e permiti que eu instale o Windows.
Você pode obter o Windows para inicializar via GRUB. Instale o Ubuntu em uma partição não-Windows e coloque o GRUB no MBR. Em seguida, inicialize o Windows a partir do disco rígido, escolhendo-o no menu do Ubuntu GRUB.