O Tcl usa o caractere \ para escapar de coisas, como você usou \r para a nova linha. Se você quiser enviar um único \ você tem que escapar com outro \ , então ele se torna \ ou você escapa da string com chaves {} , o que impedirá tais escapes especiais. Suas opções são, portanto:
send "copy running-config flash:\\startup-config"
ou
send {copy running-config flash:\startup-config}