O Tcl usa o caractere \
para escapar de coisas, como você usou \r
para a nova linha. Se você quiser enviar um único \
você tem que escapar com outro \
, então ele se torna \
ou você escapa da string com chaves {}
, o que impedirá tais escapes especiais. Suas opções são, portanto:
send "copy running-config flash:\\startup-config"
ou
send {copy running-config flash:\startup-config}