Minha recomendação para "resolver" este problema é ter um programa falso e um real. O falso aponta para uma cópia do arquivo .exe do programa (no mesmo diretório, se você quiser que ele funcione) e nunca é usado. O real usa um ícone diferente do padrão para se disfarçar.
Para o registro, não consigo pensar em uma boa razão para querer fazer isso.