Eu não acredito que a pergunta não pode ser respondida aos 100% com as informações que você der. Eu sugiro que você experimente para descobrir em um único mac, com um backup da máquina do tempo antes de implantar. Os efeitos dependem completamente do aplicativo e dos canais que você aplica.
No que diz respeito à minha experiência, acabei de modificar o aplicativo Dock para alterar a aparência da exposição ao substituir duas imagens em seus recursos. Eu não sofria de instabilidade, mas, novamente, eram apenas duas imagens.
Sobre a atualização de software, é possível que as alterações sejam sobrescritas, mas, novamente, depende do que você está modificando.
Por que você está modificando o CoreServices? Eu sugiro outros métodos para conseguir o que você quer fazer, mas se é o único jeito, a Time Machine é sua amiga.