Eu acho que o script é executado sob uma conta de administrador, então você não pode impedir que ele altere as configurações de proxy. O que você poderia fazer:
- Escreva um script próprio que altere as configurações de volta
- Perguntar qual script altera as configurações de proxy e desativá-la
Se as suas políticas permitirem a mudança de proxies, você deverá ser autorizado a desativar o script, se a mudança de proxies for a única coisa que ele faz.