Se você instalar o Windows 7 no primeiro HDD, você obterá o Bootloader do Windows 7, e o bootloader no segundo HDD permanecerá intacto.
Eu tenho exatamente a mesma instalação que você (Win7 em uma unidade e Ubuntu na outra)
O que eu fiz foi baixar e instalar o EasyBCD , em seguida, basta criar uma entrada para o Ubuntu, isso vai lhe dar o Carregador de inicialização do Grub quando você seleciona a entrada do Ubuntu.
Se você quiser que o Grub inicialize primeiro, sugiro que você inicie o seu segundo disco rígido como o dispositivo de inicialização em seu BIOS e reinstale o grub do Ubuntu para obter o Bootloader do Windows 7 inserido na lista do Grub.