How can you explain why the partition table says there's a partition of unknown type
Sim, isso é um problema com o TrueCrypt (ou qualquer solução de criptografia). A página TrueCrypt propõe que você afirme que é uma partição de dados regular que você limpou (muitas ferramentas de limpeza escrevem dados aleatórios). Se isso é suficiente para convencer um invasor, ainda é preciso ver.
Se você quiser evitar isso, só poderá usar um volume oculto. Este é um problema fundamental:
Você de alguma forma marca a área oculta - então ela não está mais completamente oculta.
Ou você não marca nada - então não há como evitar sobrescrevê-lo.
Não há realmente nada que você possa fazer sobre isso (além de ser cuidadoso).