Você pode usar o Microsoft / Sysinternals Autoruns , que é basicamente uma versão muito aprimorada do MSConfig, e, em seguida, escolha excluir em todas as opções que você não deseja.
(Por favor, note que quando você desativa algo no MSConfig, ele simplesmente "move" para uma chave de registro temporária onde ele não será executado e estará fora do caminho, para que ele apareça em outra ferramenta como o Autoruns, você pode ter que reativá-lo primeiro).
Como alternativa, procure na coluna "Local" do MSConfig e navegue manualmente até a pasta / local / chave do registro e exclua você mesmo.