De acordo com a página a que você está vinculado,
The Google Email Uploader for Mac is a desktop utility for Mac OS X that uploads email archives from Apple Mail, Eudora, Thunderbird, and exported Entourage mail (along with other mbox and Maildir archives) to your Google Apps mailbox.
O que você tem é Maildir , mas a partir do seu exemplo, parece que os nomes foram mutilados durante a transferência: o O sufixo 2,S
deve ser separado por :
(ou ;
em alguns sistemas), não por /
.
A saída do seu script de conversão mbox também deve ser aceita diretamente pelo Uploader.
dir="${1%/}"
mbox="$dir.mbox"
find "$dir" -type f | while read name; do
formail < "$name" >> "$mbox"
done