Geralmente, é uma má ideia fazer login como root. Em vez disso, você deve usar sudo .
(Nota: normalmente você não pode usar su root para se tornar root, já que o Ubuntu bloqueia a conta root por padrão).
Tente iniciar o Atom a partir da linha de comando com gksudo atom ( gksudo é o equivalente a sudo para programas GUI, se você não tiver apenas executando sudo , também deverá funcionar). Isso deve permitir que você salve em / var / www / html sem problemas.
No entanto, como salvar o arquivo errado pode atrapalhar o sistema, é uma má idéia usar sudo o tempo todo. Esta resposta tem alguns guias sobre como evitar o uso do sudo em / var / www / html / (após o qual o Atom normalmente deveria funciona bem).