Você pode tentar usar um CD de inicialização do antivírus. Algo como o AVG one (embora existam muitas alternativas).
Algo parecido com isto, você pode escolher inicializar a partir do BIOS (geralmente o F10 enquanto o PC está carregando) para que você possa consertá-lo antes que o Windows seja carregado.
EDIT: Estou assumindo a partir de sua pergunta que seu PC já está infectado e você não pode limpá-lo como anti-vírus está sendo desabilitado no Windows. Se eu entendi mal desculpas