Instale o AutoHotKey e carregue este script:
#c::
WinGetActiveStats Title, Width, Height, X,Y
WinMove, %Title%,, (A_ScreenWidth-Width)/2, (A_ScreenHeight-Height)/2
O #c significa "Windows Key + c", portanto, isso define uma ação que centralizará a janela atual (ativa) quando você pressionar Win + c . Você poderia, claro, usar outro atalho de teclado, se preferir.