A versão Debian do ffmpeg é despojada de alguns codecs de codificação devido a questões legais. O Debian tem o objetivo de ser totalmente gratuito para que nenhuma empresa possa processá-lo porque você usou software / código pelo qual você não pagou.
Existe o repositório debian-multimedia.org que oferece pacotes com um ffmpeg não-truncado, o problema é que quando você inclui este repositório em sua instalação normal do debian você precisa ter muito cuidado, por exemplo alguns pacotes de break debian-multimedia o vlc padrão no debian desde que os pacotes subjacentes não são totalmente compatíveis.