Há um recurso em novas (er) compilações do Dropbox chamado Sincronização seletiva . Eu acho que você precisa pelo menos da versão 1.0. Se você não tem certeza, basta pegar a versão estável mais recente em aqui
Selective sync allows you to choose the folders you want synced to your computer. It gives you the ability to have more control over what is synced to your devices. It is particularly useful for users with limited hard drive space on one of the computers or netbooks synced to their Dropbox account.
Você ainda está sincronizando tudo com a sua conta do Dropbox, mas pode selecionar o que você sincroniza "de volta" com o (s) seu (s) computador (es)
Há um bom passo-a-passo com capturas de tela em How-to Geek