Quanto espaço está sendo usado? Se não for muito, pode ser seus arquivos de log.
Por exemplo, seu / var / log / messages pode estar adicionando uma MARK a cada 20 minutos, ou quando você reinicia adicionando informações de inicialização, como mapear a RAM e registrar diversos drivers e serviços.
Não tenho certeza sobre o Fedora, mas a maioria das distribuições limpa o diretório temporário na reinicialização ou o mantém no tmpfs.
Se for um monte de dados, você pode usar o comando du para ver onde o espaço está sendo usado. Aqui está um comando rápido para listar os dez principais diretórios por tamanho:
du -cks * | sort -rn | head -11
Se você emitir este comando no diretório /, ele permitirá que você trabalhe na árvore para encontrar o que está ocupando seu espaço livre.
Exemplo: (você provavelmente quer fazer isso como root)
cwd # cd /
/ # du -cks * | sort -rn | head -11
du: cannot access 'proc/8637/task/8637/fd/4': No such file or directory [don't worry bout these errors]
4252439 total
2462742 usr
506586 home
498021 var
[...]