Observando os marcadores que criei no Adobe Pro 8, eles são armazenados em texto simples em algum lugar do arquivo, como dois objetos separados. Por exemplo, um marcador com zoom de 400% chamado "SomeBookmark400percent" pode aparecer como
178 0 obj
<</Parent 177 0 R/A 179 0 R/Title(SomeBookmark400percent\r)>>
endobj
179 0 obj
<</D[447 0 R/XYZ 0 792 4.0]/S/GoTo>>
endobj
O primeiro objeto (# 178) contém o nome do marcador e uma referência "R / A" para o segundo objeto (# 179) que define o que você estará olhando: XYZ "0 792" (medido de parte inferior esquerda da página, sem saber quais unidades) com zoom "4.0", ou seja, 400%.
Para um segundo marcador com zoom definido como "tamanho real", denominado ActualSizeBookmark:
471 0 obj
<</D[449 0 R/FitR -134 133 745 792]/S/GoTo>>
endobj
472 0 obj
<</Parent 177 0 R/A 471 0 R/Next 179 0 R/Prev 178 0 R/Title(ActualSizeBookmark\r)>>
endobj
Assim, o segundo objeto (# 472) contém o nome do Marcador "ActualSizeBookmark" e refere-se via "R / A" ao primeiro objeto (# 471), que contém o comando "FitR -134 133 745 792" (números são provavelmente coordena novamente).
Nos meus testes, substituindo a expressão regular
/FitR [0-9]* [0-9]* [0-9]* [0-9]*]
com a string
/XYZ 0 792 1.0]
transformou com sucesso todos os marcadores "Tamanho real" em marcadores "Zoom 100%". Claro que você vai acabar com todos os marcadores na posição x = 0, y = 792 em sua respectiva página. Se você quiser que os favoritos não modifiquem o zoom, use "zoom 0", ou seja, substitua por
/XYZ 0 792 0.0]
Não tente isso sem fazer uma cópia de backup. Em meus testes, o tamanho do arquivo não precisava permanecer constante, mas você precisa usar um editor que não mexa com outro conteúdo (possivelmente binário) do PDF.