O Upstart não é destinado ao uso interativo.
É provável que a entrada padrão do seu script seja redirecionada para longe de você. Você poderia tentar usar um descritor de arquivo diferente.
#!/bin/bash
exec 3<&0
read -u 3 -p "Choose one: " input
exec 3<&-
Aqui está um script de demonstração completo que mostra a entrada proveniente de um arquivo e do usuário:
#!/bin/bash
exec 3<&0
while read -r line
do
read -r -p "$line " -u 3 input
echo "$line/$input"
done < inputfile
Se você estiver usando um shell que não tenha a opção -u
para leitura:
read input <&3