Provavelmente, é tarde demais, mas isso se aproxima do que você quer? Pode exportar cada camada para um PNG:
Arquivo > Scripts > Exportar camadas para arquivos
Há também
Arquivo > Scripts > Compostas de Camada para Arquivos
que faz o mesmo para Layer Comps (conjuntos de camadas visíveis). Se emparelhado com um script que passa primeiro e nivela cada grupo de camadas, deve ser perfeito.
O desempenho pode ser um problema, no entanto, em documentos complexos. Slooooww como no CS4 na parte superior do PC!