O método que eu uso seria copiar os arquivos para uma pasta separada e, em seguida, usar além da comparação para diferenciá-los com o local original para removê-los de lá. O único problema a ser superado seria se houvesse mais de um arquivo com o mesmo nome, o Windows anexaria uma instância, por exemplo, Arquivo (1) .txt e assim a comparação além não será capaz de comparar diretamente com o origina sem alguns passos extras. Isso pode ser superado usando o regexp como declarado aqui:
... qual é a solução no post do fórum Scooter Software / Beyond Compare: "Comparar arquivos com nomes de arquivo parcialmente correspondentes?": link