Gostaria de sugerir que você substituísse o pendrive por zeros e reparticionasse-o (como root):
dd if=/dev/zero of=/dev/sdc
( /dev/sdc
pode mudar, então verifique novamente se esse é o seu drive USB!)
Depois de terminar de escrever, faça um sync
e você deve estar pronto.
E, em seguida, faça uma nova repartição com o gparted, ou seja qual for o seu programa de particionamento favorito. Você precisa criar uma nova tabela de partições. Então, você pode adicionar novas partições.