Eu faço isso regularmente. Veja o que eu faço.
Primeiro, eu tenho 2 discos rígidos - um menor para o sistema operacional, um grande para / home.
Antes de alterar distros, faça backup de qualquer coisa que você possa precisar - / etc / geralmente tem algumas coisas que preciso manter.
Desmonte / home / e faça uma nova instalação. Com isso feito, e sem re-montagem / home, recriar seu usuário - isso será no disco do sistema operacional. Isso permitirá que você faça login e verifique se tudo está funcionando.
Em seguida, monte / home em algum lugar para poder acessá-lo - você provavelmente precisará alterar a propriedade e / ou grupos dos arquivos em seu diretório inicial antigo.
Eu, então, crio um novo subdiretório no meu diretório home antigo e movo todos os arquivos .dirs e .configs para dentro dele e copio sobre qualquer um da nova casa - assim, você sabe que não terá nenhuma incompatibilidade para lidar.
Agora monte o antigo / home corretamente (edite o fstab & reinicialize ou monte-o manualmente quando estiver logado como root) - você deve ser capaz de efetuar login agora e ter acesso à partição antiga / home.
É então uma questão de teste & erro para mover arquivos / diretórios de configuração individuais para ver se há algum conflito.