Como as Preferências do Sistema são geralmente sólidas e estáveis, eu aposto que o problema tem a ver com algo no nível do sistema de arquivos. Tente fazer um reparo de permissões / disco no Utilitário de Disco.
Existe algo de estranho nas contas que existem na sua máquina? Isso começou a ocorrer após qualquer evento reconhecível em particular?
Se tudo mais falhar, talvez seja necessário reinstalar o OS X, mas você deve conseguir migrar seus aplicativos e contas de usuário de forma bastante uniforme.