Essa é uma pergunta muito específica sobre o Wine e o uTorrent.
É mais provável que você encontre uma resposta para no banco de dados do Wine que descreve todos os problemas com aplicativos do Windows em execução no Wine em uma determinada versão.
Você deve considerar o uso de um cliente de torrent Linux nativo no Linux ou esperar estar na mesma posição após a próxima atualização novamente.