Woha, volte por um minuto.
O Windows precisa de "Arquivos de Programas", independentemente de você estar executando 32 ou 64 bits. No Windows 64bit, o Windows usa a pasta "Arquivos de Programas" para armazenar todos os programas que são executados como um programa de 64 bits. (como o IE) O Windows usa "Arquivos de Programas (x86)" para instalar programas que serão executados como um programa de 32 bits.
Em resumo, você não pode e não deseja excluir a pasta "Arquivos de Programas". O que você deve fazer é entrar em "Arquivos de Programas" e deletar os programas que você não quer mais.