Não consegui encontrar nenhuma maneira programática correta de fazer isso, mas é muito fácil fingir pressionando uma tecla. Aqui está um script do PowerShell que faz isso:
[System.Reflection.Assembly]::Load("System.Windows.Forms, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089")
[System.Windows.Forms.SendKeys]::SendWait("%+")
EDITAR :
Descobri uma maneira melhor de fazer isso programaticamente, essencialmente usando as funções LoadKeyboardLayout
e ActivateKeyboardLayout
. Eu admito, não é muito fácil de escrever.