eclipse.ini está localizado dentro do pacote de aplicativos do Eclipse próximo ao binário. Clique com o botão direito do mouse em Eclipse.app (a coisa com o ícone do eclipse que você clica duas vezes), escolha "Mostrar conteúdo do pacote" e navegue até Contents/MacOS/ .
O arquivo eclipse no mesmo diretório é o binário real que você deve poder iniciar com o argumento, por exemplo, /Applications/Eclipse/Eclipse.app/Contents/MacOS/eclipse -clean