As interfaces de rede operam nas camadas 1 e 2. O protocolo Ethernet opera nas camadas 1 e 2. Como você está configurando a MTU na interface, presumo que esteja configurando para qualquer implementação da camada 2 que estiver usando (desde camada 1 não lida com o encapsulamento de dados em quadros, pacotes, segmentos, etc.). Configurar o MTU no inerface está definindo o MTU do tamanho do quadro Ethernet (supondo que você esteja usando Ethernet).
A camada de rede é a camada 3, que é onde o TCP \ IP opera.