Se você quer dizer codificar um filme com legendas, então você deve ver esta pergunta: Como faço para codificar um filme com legendas?
Caso contrário, apenas forneça o mesmo nome para o filme e o arquivo de legenda (eles devem estar na mesma pasta também) e as legendas serão automaticamente carregadas quando você reproduzir o vídeo. Por exemplo:
C:\Terminator2.avi
C:\Terminator2.srt