Eu usei a ferramenta da Paragon (nós tivemos sorte e a adquirimos GRATUITAMENTE durante promo, você pode gerenciar o mesmo se você assistir o tempo suficiente), que funciona como um encanto e acredito que funcionará com praticamente qualquer esquema de partição lá fora. Basicamente, você apenas aponta para as partições, inicializa em um ambiente especial, as reconstrói e você é bom para ir.
Se você não quiser usar nenhum software de terceiros, é melhor formatá-lo do zero. (Lembre-se, se você estiver usando o Windows, o Vista e o 7 alinhar as partições corretamente quando elas forem criadas, mas se a unidade foi originalmente formatada com o XP, você precisa reconstruir as partições.)