/Library/Preferences/com.apple.TimeMachine.plist contém os itens excluídos na chave SkipPaths . Você pode tentar editar este arquivo manualmente ou automatizado (desde que não esteja protegido / substituído pelo Workgroup Manager).
Infelizmente, o formato .plist é binário, então você provavelmente precisará usar Property List Editor das ferramentas do desenvolvedor ou editar o arquivo usando uma API plist.