Eu uso rsync na minha caixa Unix para copiar o mais recente para o backup. Apenas transfere dados que diferem.
Para o Windows A Microsoft tem um programa chamado robocopy que faz uma coisa semelhante. Faz parte do Windows mais recente que o XP. Para mais cedo, fazia parte do Windows Resource Kit. A página rsync lista uma versão do windows disponível em outro lugar, mas eu nunca tentei.
Inn ambos os casos param de executar essa máquina em vmware antes de sincronizar.