Isso realmente não é um problema do OS X ...
De acordo com o meu conhecimento, não há como dizer a qualquer SO mainstream para especificamente armazenar em cache um arquivo em particular. Isso é feito automaticamente pelo sistema operacional. O SO detecta a leitura ou a gravação no arquivo e armazena automaticamente o conteúdo em um buffer de memória por algum período de tempo, especialmente se detectar o acesso freqüente ao arquivo. (Sim, estou simplificando, mas o conceito principal é válido).
(Por favor, note que estou separando a idéia de colocar o arquivo em um drive de RAM de cache, uma vez que não é transparente para o usuário)
Agora, estou mais preocupado com o fato de seu arquivo de favoritos ter 40 MB de tamanho ... Você tem certeza disso? A menos que você tenha dezenas de milhares de marcadores, não esperaria que você estivesse em qualquer lugar perto de 40 MB.
E se isso, então eu sugiro validar seus favoritos, e certificando-se de que você não tem links ruins lá ... Aqui está um plugin para o Firefox que faz isso ...