Para o Linux, você pode usar o rsync. No Windows, você pode usar o cygwin + rsync ou o robocopy (embutido)
Espero que ajude.
Eu tenho os mesmos arquivos em várias máquinas e vários locais neles (dispositivos removíveis, discos rígidos, etc.) no Windows e no Linux, que sistema de sincronização / backup eu poderia usar para atualizar todas as cópias?
Windows Live Mesh