Ok, então o problema foi aparentemente meu segundo disco rígido, no qual eu instalei meu diretório / home. O disco não relatou erros com a digitalização inteligente. Algo estava errado com o tempo de resposta.
Como eu poderia ter detectado isso? Tentativa e erro me salvaram desta vez.
Desmontei meu segundo disco rígido apenas por precaução e movi meu diretório / home para meu disco de estado sólido. Funciona extremamente rápido agora.
Obrigado a todos, pelas suas sugestões e tempo.