Tanto quanto eu posso dizer rapidamente, você tem algumas opções.
Para chegar ao seu objetivo - Desconecte todos os discos rígidos e conecte apenas o que você deseja instalar e faça a instalação. Repita quantas vezes for necessário.
Cada unidade será configurada e particionada corretamente. Você deve então poder simplesmente alterar a instalação ativa pelo BIOS ou apenas tocando F12 (Ou qualquer que seja o menu de inicialização de uma vez em sua máquina).
No entanto, o que você deseja fazer não deve ser um problema para o carregador de inicialização padrão do Windows. Você pode instalar na ordem que desejar e depois usar a ferramenta BCDEDIT, ou EasyBCD (que facilita as coisas!) Para arrumar as entradas.
Por último, devo dizer, se você tiver orçamentos para um SSD, provavelmente terá um bom computador - eu recomendaria apenas usar o Windows 7 e observar a virtualização para executar programas legados.