Esse é o comportamento típico do Flash e da maioria dos outros aplicativos de tela inteira. Tanto quanto eu sei, não há como fazê-lo fazer o que você quer.
BTW, seria muito mais claro se você tivesse dito que você está assistindo a vídeos em flash para começar.
UPADATE A Adobe lançou recentemente o Flash 10.2 (pelo menos para Windows), que suporta tela cheia com vários monitores. Eu tive a chance de experimentar, e funciona bem, com ressalvas. No Firefox, se você colocar um vídeo em tela cheia, voltar para o navegador e alternar para outra guia, a taxa de quadros do vídeo diminuirá.