Se a vlc não for executada, ela não será instalada corretamente. Eu usaria o ffmpeg. Você pode compilá-lo a partir do código-fonte e manipula uma quantidade ímpia de codecs (incluindo contêineres flv). O Mplayer tem uma versão do ffmpeg em sua árvore de fontes sem muitas dependências. Se você não pode obter o ffmpeg do svn para compilar tente o mplayer a partir do código fonte. Como alternativa, se você precisar apenas de um arquivo convertido, informe-me e eu farei isso por você.