O Portable Git foi projetado para que, em vez de ser instalado em um local, como Usuários / Gajo, ele apenas olhe para sua própria "árvore", para que ele possa ser colocado em um pendrive (portátil) e usado imediatamente em qualquer lugar Computador Windows sem instalá-lo.
Você pode ter 2 identidades git se você criar 2 diretórios com "árvores de diretórios" do Portable Git.
O que você fizer no shell bash de um deles é mantido nessa estrutura de diretórios e separado do outro. Configurar chaves, nomes de email, etc para cada um. Apenas mantenha o controle de qual janela do bash foi aberta a partir de qual diretório.