Você deseja o comando FOR com o parâmetro /R :
FOR /R [[drive:]path] %variable IN (set) DO command [command-parameters]
Walks the directory tree rooted at [drive:]path, executing the FOR
statement in each directory of the tree. If no directory
specification is specified after /R then the current directory is
assumed. If set is just a single period (.) character then it
will just enumerate the directory tree.
Digite help for no Prompt de Comando para obter detalhes completos sobre o uso.
E lembre-se, se você usar variáveis em um script, precisará usar %% em vez de%.