Eu não vi isso especificamente, mas há um problema puTTY possivelmente relacionado com o VNC. Se uma sessão SSH no VNC terminar inesperadamente, então a janela fica desabilitada, em vez de fechada como seria em uma terminação normal, parece fazer com que o VNC varre a varredura de atualizações, mas não envia nada.
Eu texo na via SSH, em vez de usar um túnel reverso - talvez você pudesse tentar isso? Se você configurar o servidor SSH do Cygwin nessa máquina e permitir que a porta 22 seja direcionada para ele a partir do seu roteador, você poderá usar SSH em vez de O SSHing out pode ser reconectado se o canal SSH anterior morrer. Quando uma sessão puTTY morta faz com que o VNC bloqueie, sempre posso reiniciar a sessão do VNC. Ele bloqueia novamente as atualizações da tela quando a tela é totalmente exibida no cliente VNC, mas ainda recebe entrada, então eu posso clicar onde está o botão fechar da janela do puTTY, fechar a conexão VNC novamente e quando eu reconectar a janela puTTY errante se foi e todo o resto está funcionando como deveria ser.
A partir da maneira como eu li sua pergunta, o SSHing removerá a necessidade de usar o puTTY na extremidade remota do túnel - se você estiver usando apenas o puTTY para gerenciar o túnel, ele foi substituído pelo OpenSSH do Cygwin (servidor fim) e o que nunca cliente (provavelmente puTTY novamente) você chama usando.
Se o SSHing no para a máquina XP não for uma opção para qualquer motivo, você ainda pode tentar o lado do cliente ou OpenSSH (via cygwin ou alguma outra porta), usando isso para a chamada para construir o túnel reverso em vez de usar o puTTY. Você também pode tentar jogar com as opções de pesquisa nas configurações do servidor VNC, mas não me lembro de fazer qualquer diferença com o problema que vi.
Eu acho que o puTTY trata sua janela de formas não-padrão (ou pelo menos geralmente inesperadas), como vários utilitários de gerenciamento de janelas (como aqueles que adicionam snap à grade ou aprimoramentos nas decorações da janela e assim por diante ) tem uma exceção explícita para puTTY por padrão.
FYI: os lugares que eu notei problemas VNC + puTTY também são máquinas rodando o XP - embora eu não ache que ele seja específico do XP, eu simplesmente não estive em uma situação onde o problema como eu o entendo ( alguma incompatibilidade entre o que o puTTY faz consigo mesmo e como o VNC opera) surgiria em outras versões do Windows. Em todos os casos, estou usando a variante TightVNC do VNC, servidor e cliente.