Você está usando o FileVault? Esse é um "problema" conhecido, em que o Time Machine faz o backup apenas do sparsebundle que contém o diretório inicial do FileVault quando você está desconectado. Mesmo assim, eu não tenho certeza de como isso funciona, porque aparentemente faz o backup de tudo o tempo todo, o que me leva a acreditar que a restauração só pode ser um negócio de tudo ou nada.