A melhor maneira de lidar com isso é alterar os nomes dos arquivos javascript cada vez que você alterá-los. Então não importa se eles são armazenados em cache. Uma alternativa é criar um filtro para definir o cabeçalho de controle de cache.
Eu vi perguntas como esta em stackoverflow e serverfault - pode ser uma boa ideia pesquisar lá. Parece mais adequado para esses sites.